歯周病の発症は歯周病原菌の感染によって起こります。
口腔内には300～400種類の細菌が存在していますが、その中でとくに歯周病原菌となる特異な最近は、アクチノバチルス・アクチノマイセテムコミタンス（A.A菌）、プロフィロモナス・ジンジバリス（P.G菌)、プレボテーラ・インテルメディア(P.I菌)、スピロヘータなどがあります。これらの菌が、歯肉溝（歯と歯ぐきの境目)のなかで異常増殖すると歯周ポケットが形成され、付着部が歯面からはがれ、続いて歯肉がはれ、歯槽骨の破壊を起こさせます。

歯周病にかかっている方と、健康な方の歯周ポケットでは　バイオフィルム内の菌の割合が大きく異なります。歯周病の方のバイオフィルム内では、歯周病菌が爆発的に増加していますので、これを取り除き歯周病菌の少ない新しいバイオフィルムが形成されるようにしていかなくてはなりません。

健康な歯肉溝では、バイオフィルムの75％が常在菌（グラム陽性好気性球桿菌）であり、歯周病の病原性はありません。成人型歯周炎の歯周ポケットでは、グラム陰性嫌気性球桿菌が75％を占めています。健康な歯肉溝と歯周病の歯周ポケットとのバイオフィルムには大きな違いがあります。歯周病に罹患した歯周組織を健康な組織にする為には、嫌気性菌、グラム陰性菌、スピロヘータの数を減らさなければなりません。